宇航员在火星上发现了一个神秘的潘多拉魔盒，并把它带回了地球，然而带有强大力量的潘多拉魔盒却引发了天空之壁的惨剧，巨大的天空之壁从地底冒出，将日本分为东都、西都、北都三个地区。这三个地区为了争夺潘多拉魔盒而摩擦不断，战争一触即发。 与此同时，在东都出现了一种被称为“猛击者”的未知生命体，它们不断袭击东都的市民。天才物理学家桐生战兔挺身而出，他变身成为假面骑士创骑，保护市民免受“猛击者”的侵害。在这一过程中，桐生战兔救下了从神秘组织中逃出的万丈龙我，并从万丈龙我的描述中，发现自己失忆的原因与该神秘组织有关系。于是，桐生战兔开始一步步调查神秘组织，以求能找到发生在自己身上的真相。然而这一切的背后隐藏着一个惊天的阴谋！