樱田纯是一名不愿上学而长期不出家门的中学生,热衷于上网购物,喜欢在购买物品后的退货限期内退回物品。有一天收到一封自称是人工精灵荷里耶的来信,上面只写着“上发条”、“不上发条”的选项,在好奇心的驱使下选择了“上发条”,之后房间就出现了一个没有署名的神秘皮箱,里面装着一个美丽而且质感近似真人的人偶少女。当纯使用木箱内的发条转动背部的开关后,人偶有生命般地活动起来,对纯说:“我是真红,蔷薇少女第五人偶。”正在这时,突然了出现被神秘人操控的小丑布偶,在生命受到威胁的紧急情况下,纯虽万般无奈还完全搞不清楚发生了什么事,却只能稀里糊涂地成为了真红的媒介,结成主仆关系。之后,一个个结下类似契约的人类和人偶出现在纯和真红面前,称为“蔷薇少女(Rozen Maiden)” 的人偶们的战斗就此展开了…
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