秘密的SML组织为了维护世界和平，阻止邪恶的黑道组织-猪蹄组征服世界的诡计，派特工美色(魅力）潜入邪恶组织，偷取执行计划的核心元件。在逃亡过程中，美色（魅力）无意间上了小新一行人搭乘的游船，使得小新也被卷入正邪的对抗战中，还被带往邪恶组织。原来邪恶组织要进行的计划是，让大袋博士开发出来的新型电子生命体肥嘟嘟左卫门入侵全世界的电脑，进而征服世界。没想到这个新型的电子生命体的原创者居然是小新.......