动画片《超侠小特工》改编自作家超侠的科幻小说《超侠小特工（第一季）金字塔顶跳舞的木乃伊》。故事讲述12岁的奇奇怪一心想成为特工基地里的一名小特工，偶然的机会，他顺利进入基地，成为一名小特工。就在奇奇怪庆幸自己幸运时，一系列不可思议的事情发生了。住在镜里的怪兽突袭基地，城市内出没吸血鬼和狼人，接着居民、大量的特工甚至指挥官失踪。剩余的特工通过监控发现这些神秘事件和奇奇怪有关，奇奇怪被押，等待审判，而奇奇怪完全摸不着头脑，不知道自己到底被什么人利用了。