シアンが去った後、平和な日々が続いていたMIDICITY。だが、音楽を殲滅しすべてを支配しようとする「闇の女王」の出現により、かつてない最大の危機が迫っていた。一方、現実世界に戻ったシアンこと聖川詩杏は、学校の音楽活動でグダグダと悩んでいた。ふとした瞬間、MIDICITYでの楽しかった日々を思い出す詩杏。そんな彼女の元に得体の知れない何者かが迫る。シアン達の運命やいかに!?